En el cambio de código del CMS se han perdido algunas ligas porque falta una diagonal al url, en lugar de archivos/script.txt debe ser /archivos/script.txt  pues de otra manera CakePHP toma "archivos/" como una llamada a un controlador.

Abrir cada archvo para editarlo parece una hueva, además no tengo tiempo, pero buscando un poco me encuentro que para hacerlo es bastante sencillo en PostgreSQL con la función replace:

=> UPDATE pages SET body=replace("body", 'href="archivos/', 'href="/archivos/');

Cambié 366 concordancias en un segundo!!  ahora sólo falta que google indexe.